gDNA Low Positive Control 2 (3ng/ml), 5ml
Bei den Extraktionskontrollen handelt es sich entweder um ctDNA, die mit einer festgelegten Allelfrequenz in Plasma versetzt wurde (Panel 1), oder um Wildtyp-cfDNA, die in einer festgelegten Konzentration in Plasma versetzt wurde (Panel 2).
Sie dienen als Kontrollen, um die Effizienz der cfDNA-Extraktion aus echtem humanem Plasma zu überwachen, zu bestimmen, bis zu welcher niedrigen absoluten Kopienzahl eine zuverlässige Extraktion möglich ist, und den Qualitätskontroll-Workflow für den cfDNA-Extraktionsprozess zu standardisieren.
Bei den Extraktionskontrollen handelt es sich um künstlich hergestellte cfDNA-Proben aus menschlichem Plasma, die eine Verdünnungsreihe von cfDNA enthalten.
Die Proben des Panels 1 weisen unterschiedliche Allelfrequenzen (AF %) im Bereich von 0 bis 3 % auf, die mittels ddPCR quantifiziert wurden. Um die ctDNA-Proben von Patienten bestmöglich nachzuahmen, bestehen sowohl die Varianten- als auch die Wildtyp-cfDNA aus nukleosomal fragmentierter genomischer DNA (gDNA), die aus Zelllinien gewonnen wurde. Die cfDNA wurde in menschliches, DNA-freies Plasma eingebracht („gespiked“). Dadurch eignen sie sich hervorragend als patientennahes Referenzmaterial. Sie ermöglichen die Abschätzung der Sensitivität des ctDNA-Nachweises über den gesamten Assay-Ablauf hinweg, insbesondere auch im Hinblick auf den Extraktionsschritt. Zudem lassen sie sich zur Bestimmung der Nachweisgrenze (LOD) für den Nachweis spezifischer Varianten verwenden. Einzelne Proben des Panels können als Qualitätskontrolle eingesetzt werden.
Die Proben des Panels 2 unterscheiden sich hinsichtlich der Gesamtmenge an cfDNA (ng/ml). Sie dienen dazu, den Verlust von cfDNA im Plasma zu überwachen, die Untergrenze für die zuverlässige Extraktion absoluter cfDNA-Kopienzahlen zu ermitteln sowie die Qualitätskontroll-Abläufe bei der cfDNA-Extraktion aus Plasma zu standardisieren.
Extraktions-Panel 1
DNA-freies Plasma, versetzt mit aus Zellen stammenden DNA-Fragmenten, die 23 Varianten mit durchschnittlichen Allelfrequenzen (AF) von 0 %, 0,1 %, 0,3 %, 1 % und 3 % enthalten; der Hintergrund besteht aus einer konstanten Konzentration von 20 ng/ml fragmentierter Gesamt-gDNA. Die Liste der 23 Varianten ist unten aufgeführt. Jede Probe des Panels ist einzeln erhältlich.
Extraktions-Panel 2
DNA-freies Plasma, versetzt mit steigenden Konzentrationen an genomischen DNA-Gesamtfragmenten (0; 0,3; 1; 3 und 10 ng/ml). Kundenspezifische Kontrollen mit definierten Konzentrationen (ng/ml) sind auf Anfrage erhältlich.
